首先,对于加密的数据(dbGaP受限制数据)需要申请,申请后需要设置项目密码,下载数据,然后对下载后的数据进行dump,相当于解压缩,解压时
用到NCBI的sratools,对于拥有图形界面的系统来说,可以直接用sratoolkit。jar进行解密密码相关的设置,如果没有图形界面,则可使用2.3以前的旧版本,
利用configuration perl脚本进行设置,设置好以后解压,然后对序列数据进行align或者其他的工作,所以,还算比较繁琐的。
新下载的文件记得用configuration perl脚本检测external reference sequence文件,它会自动下载这些需要的文件。