多级目录结构的软件，一般是单个程序、库文件或模块放在各自的目录中。automake要求每个目录都有自己的Makefile.am文件来编译各自目录 下的代码。在顶级的目录中，有一个Makefile.am文件，该文件通过SUBDIRS指明了这个目录下有多少个直接下级目录的代码需要编译。下级目录 的Makefile.am也指明自己需要编译的下级目录。通过这样的层层递归i，从而完成多级目录结构的编译。
下面看一个具体的示例：
本例假设目录结构如下：
helloworld
|src
||--test.cpp
||dohello
|||--dohello.h
|||--dohello.cpp
|doc
||--userguide
顶级目录helloworld，该目录下有src和doc两个目录。src目录下有一个test.cpp文件，一个dohello目录，dohello目录下又有dohello.h和dohello.cpp两个文件。doc下有一个readme文件。
整个程序中test.cpp是主文件，里面有main函数。test.cpp调用了dohello.h和dohello.cpp中的类。
下面是编译步骤：
1.运行autoscan产生configure.scan 在顶级目录helloworld下运行autoscan命令。产生configure.scan文件内容如下：
# -*- Autoconf -*-
# Process this file with autoconf to produce a configure script.
AC_PREREQ(2.61)
AC_INIT(FULL-PACKAGE-NAME, VERSION, BUG-REPORT-ADDRESS)
AC_CONFIG_SRCDIR([src/test.cpp])
AC_CONFIG_HEADER([config.h])
# Checks for programs.
AC_PROG_CXX
AC_PROG_CC
# Checks for libraries.
# Checks for header files.
# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
# Checks for library functions.
AC_CONFIG_FILES([Makefile
src/Makefile
src/dohello/Makefile])
AC_OUTPUT
2.编辑configure.in
将configure.scan改名成configure.in，然后修改如下：
# Process this file with autoconf to produce a configure script.
AC_PREREQ(2.61)
AC_INIT(hello,1.0) #软件包名称和版本号,另一种写法是写在AM_INIT_AUTOMAKE中.
AC_CONFIG_SRCDIR([src/test.cpp])
#AC_CONFIG_HEADER([config.h])
AM_INIT_AUTOMAKE
# Checks for programs.
AC_PROG_CXX
AC_PROG_CC
AC_PROG_RANLIB #使用了静态库编译,需要此宏定义
# Checks for libraries.
# Checks for header files.
# Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
# Checks for library functions.
#AC_CONFIG_FILES([src/Makefile src/dohello/Makefile])
AC_OUTPUT(Makefile src/Makefile src/dohello/Makefile) #需要生成的Makefile，本例需要生成三个。
3.运行aclocal和autoconf
configure.in修改完后则先后执行aclocal和autoconf命令。
4.建立各个目录的Makefile.am文件
在顶级目录、src目录和dohello目录下分别建立三个Makefile.am文件。内容分别如下：
顶级目录Makefile.am：
#----------------开始------------------------------------------
AUTOMAKE_OPTIONS=foreign
SUBDIRS=src #本目录的直接下级目录src需要编译
EXTRA_DIST=doc/userguide #doc/userguide不需要编译，但要发布该文件。如果有多个文件，则用空格分开。
#----------------结束------------------------------------------
src目录下的Makefile.am：
#----------------开始------------------------------------------
AUTOMAKE_OPTIONS=foreign
SUBDIRS=dohello #本目录的直接下级目录dohello需要编译
bin_PROGRAMS=hello #本目录的文件编译成可执行文件hello。如有多个，用空格分开。然后在下面分别写它们的SOURCE和LDADD。
hello_SOURCES=test.cpp #编译hello需要的源文件列表，如有多个，用空格分开。
hello_LDADD=dohello/libhello.a #编译hello需要的库文件列表。如有多个，用空格分开。
#----------------结束------------------------------------------
dohello目录下的Makefile.am
#----------------开始------------------------------------------
AUTOMAKE_OPTIONS=foreign
noinst_LIBRARIES=libhello.a #本目录下的代码编译成libhello.a库。不需要发布。如果需要发布，则写成bin_LIBRARIES。注意，库的名称格式必需为 libxxx.a。因为编译静态库，configure.in需要定义AC_PROG_RANLIB宏。
libhello_a_SOURCES=dohello.h dohello.cpp #编译libhello.a需要的源文件。注意将库名称中的'.'号改成'_'号。
#----------------结束------------------------------------------
5.运行automake
以上几个Makefile.am都书写完毕后，运行automake --add-missing。
6.运行./configure和make
上面步骤完成后，先后运行./configure和make完成编译。如果编译成功，运行make dist可以将所有文件打包成hello-1.0.tar.gz。