随笔-141  评论-9  文章-3  trackbacks-0
// for pairs
inline bool leq(int a1, int a2, int b1, int b2){
    
return  (a1<b1 || a1==b1 && a2<b2);
}


// for triples
inline bool leq(int a1, int a2, int a3, int b1, int b2, int b3){
    
return (a1<b1 || a1==b1 && leq(a2,a3,b2,b3));
}


// stably sort a[0..n-1] to b[0..n-1] with keys in 0..K  frmo r
static void radixPass(int *a, int *b, int *r, int n, int K){
    
int i,sum;
    
// count occurences
    int *= new int[K+1];
    
for(i=0; i<=K; i++)    c[i]=0;
    
for(i=0; i<n; i++)    c[r[a[i]]]++;
    
for(i=0, sum=0; i<=K; i++)
    
int t = c[i]; c[i] = sum; sum+=t;}
    
for(i=0; i<n; ++i)    b[c[r[a[i]]]++= a[i];
    delete[] c;
}


//find the suffix array SA of s[0..n-1] in {1..K}^n
//requires s[n]=s[n+1]=s[n+2]=0, n>=2
void suffixArray(int *s, int *SA, int n, int K){
    
int i,j;

    
int n0 = (n+2)/3, n1=(n+1)/3, n2=n/3, n02=n0+n2;

    
int* s12    = new int[n02+3];    s12[n02]=s12[n02+1]=s12[n02+2]=0;
    
int* SA12    = new int[n02+3];    SA12[n02]=SA12[n02+1]=SA12[n02+2]=0;
    
int* s0        = new int[n0];
    
int* SA0    = new int[n0];

    
//generate positions of mod 1 and mod 2 suffixes
    
//the "+(n0-n1)" adds a dummy mod 1 suffix if n%3 == 1
    for(i=0, j=0; i<n+(n0-n1); i++)    if(i%3 != 0) s12[j++]=i;

    
//lsb radix sort the mod 1 and mod 2 triples
    radixPass(s12 , SA12, s+2, n02, K);
    radixPass(SA12, s12 , s
+1, n02, K);
    radixPass(s12 , SA12, s  , n02, K);

    
//find lexicographic names of triples
    int name = 0, c0 = -1, c1 = -1, c2 = -1;
    
for(i=0; i<n02; i++){
        
if(s[SA12[i]] != c0 || s[SA12[i]+1!= c1 || s[SA12[i]+2!= c2){
            name
++;        c0 = s[SA12[i]];    c1 = s[SA12[i]+1];    c2 = s[SA12[i]+2];
        }

        
if(SA12[i]%3 == 1)    { s12[SA12[i]/3]        = name; }    //left half
        else                { s12[SA12[i]/3 + n0]    = name;    }    //right half
    }


    
//recurse if names are yet unique
    if(name < n02) {
        suffixArray(s12, SA12, n02, name);
        
// store unique names in s12 using the suffix array
        for(i=0; i<n02; i++) s12[SA12[i]] = i+1;
    }
else
        
for(i=0; i<n02; i++) SA12[s12[i]-1= i;

    
//stably sort the mod 0 suffixes from SA12 by their first chraccter
    for(i=0, j=0; i<n02; ++i)    if(SA12[i]<n0)    s0[j++= 3*SA12[i];
    radixPass(s0, SA0, s, n0, K);

    
//merge sorted SA0 suffixes and sorted SA12 suffixes
    for(int p=0, t=n0-n1, k=0; k<n; k++){
#define GetI()    ( SA12[t] < n0 ? SA12[t] * 3 + 1 : (SA12[t] - n0) * 3 + 2)
        i 
= GetI();        // pos of current offset 12 suffix    
        j = SA0[p];        // pos of current offset 0  suffix
        if(SA12[t] < n0 ? // different compares for mod 1 and mod 2 suffixes
            leq(s[i],    s12[SA12[t] + n0],    s[j],    s12[j/3]) :
        leq(s[i],    s[i
+1],    s12[SA12[t]-n0+1],    s[j], s[j+1], s12[j/3+n0] )){
            
//suffix from SA12 is smaller
            SA[k] = i; t++;
            
if(t==n02) // done -- only SA0 suffixes left
                for(k++; p<n0; p++, k++)    SA[k] = SA0[p];
        }
else{
            
//suffix from SA0 is smaller
            SA[k] = j; p++;
            
if(p==n0) // done -- only SA12 suffixes left
                for(k++; t<n02; t++,k++)    SA[k] = GetI();
        }

    }

    delete[] s12;
    delete[] SA12;
    delete[] s0;
    delete[] SA0;
}

参考文献:
[1] IOI2009 后缀数组-处理字符串的有力工具
[2] Simple Linear Work Suffix Array Construction
posted on 2010-11-02 21:47 小阮 阅读(178) 评论(0)  编辑 收藏 引用 所属分类: 数据结构和算法

只有注册用户登录后才能发表评论。
网站导航: 博客园   IT新闻   BlogJava   知识库   博问   管理