以前遇到过，后来重装了系统，现在又遇到了。
这里就直接复制了网上的。感觉还行。

Ubuntu Linux 10.04自带的输入法不是很好用，linux下的输入法和windows下的比起来还是有很大差距的，相对来说比较好的输入法我看还是fcitx还不错，不过在Ubuntu下通过“sudo apt-get install fcitx”命令安装之后会出现方块的乱码。那是因为fcitx安装后默认的中文显示字体设置错误。

fcitx的配置文件是~/.fcitx/config

但是直接用 gedit ~/.fcitx/config 打开配置文件显示的也都是乱码，解决办法就是指定编码方式打开“sudo gedit --encoding gbk ~/.fcitx/config” Ubuntu默认的编码方式是UTF-8格式，因此需要通过gbk方式来打开该文件。

[程序]
显示字体(中)=*
显示字体(英)=Courier New
显示字体大小=12
主窗口字体大小=9
字体区域=zh_CN.UTF-8
使用AA字体=1
使用粗体=1
使用托盘图标=1

需要将第一行配置改成

“显示字体(中)=AR PL ShanHeiSun Uni”

注销之后，fcitx正常工作。

更多请看原文链接
还找了篇pdf文档。也给个链接吧
记得以前我照着网上的给了还是不行，但是后来我找到自己系统里面有的一些字体,然后一个个该过来的，终于有一个可以。
如果你的也遇到这问题了。那么自己动手一个个改下吧。具体操作，先找到自己系统的字体，然后一个个的改。再具体的操作我不会了，请上网搜吧