Eclipse CDT在修改内建的Includes的时候（右键项目，点击属性，C/C++ General），右边的Delete按钮将不可用，也就是说，无法删除它们。
这个Includes将会影响到解决方案项目树下的Includes。如果这些Includes实际不存在的时候，编译后将出现警告（不影响正常使用），但是非常令人发指。
如何删掉它们呢？
在工作区对应的.metadata文件夹下，{workspace}\.metadata\.plugins\org.eclipse.cdt.make.core\{projectname}，找到你自己的项目，并搜索一些关键字，比如你实际不存在的路径，将对应的节点删除即可。保存后重新打开Eclipse，它们应该就不复存在了。