Doxygen是什么？
Doxygen是一种开源跨平台的，以类似JavaDoc风格描述的文档系统，完全支持C、C++、Java、Objective-C和IDL语言，部分支持PHP、C#。注释的语法与Qt-Doc、KDoc和JavaDoc兼容。Doxgen可以从一套归档源文件开始，生成HTML格式的在线类浏览器，或离线的LATEX、RTF参考手册。对于未归档的源文件，也可以通过配置Doxygen来提取代码结构。或者借助自动生成的包含依赖图（include dependency graphs）、继承图（inheritance diagram）以及协作图（collaboration diagram）来可视化文档之间的关系。Doxygen生成的帮助文档的格式可以是CHM、RTF、PostScript、PDF、HTML和Unix man page等。
Doxygen在Linux上开发，但也可以在其它的Unix平台下运行。而且，Windows 9x/NT平台下也有对应的可执行版本。
安装Doxygen
首先，去Doxygen网站上找到最新版本的Doxygen。有二进制或源码两种版本，如果不想重头编译，下载二进制版本安装即可。在Linux下，源码编译需要perl和Gnu工具flex、bison、make的支持。在Windows下，二进制版本勿需安装，而源码编译所需支持工具较多。我们仅讲述Linux下的Doxygen的源码编译以及二进制版本安装过程。
编译源码
gunzip doxygen-$VERSION.src.tar.gztar xf doxygen-$VERSION.src.tarsh ./configure，或者configure --platform platform-type（略去直接使用configure需要平台检测的过程，平台类型在PLATFORMS文件中列出），configure --with-doxywizard（GUI前端选项）make，或者make docs（创建HTML格式的手册），make pdf（创建PDF格式的手册）
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安装二进制版本
二进制文件安装目录是<prefix>/bin，其中<prefix>缺省为/usr，可以通过configure的参数--prefix修改其值。使用make install_docs可以把文档和例子安装在目录<docdir>/doxygen，其中<docdir>缺省为<prefix>/share/doc/packages，可以通过configure的参数--docdir修改其值。doxygen是bin目录下的一个命令行程序，它是Doxygen的核心工具，完成文档的转换和生成工作。
Doxygen的处理流程
图1是Doxygen网站上给出的Doxygen处理工具以及它们之间的信息流。
从图中可以看出，Doxygen可执行程序位于正中，所有的流程都围绕着它进行。左侧图标表示Doxygen的输入可以是源文件，或者是定制的头文件、图像、注解等。Doxygen图标上部是配置文件，由Doxywizard处理，下部是Tag文件，由Doxytag处理。后面是Doxygen输出文件的类型，依次是XML、Latex、Man pages、RTF和HTML，可处理类型图标之后是进行进一步转换所需的工具。
图1 Doxygen网站上给出的Doxygen信息流图
配置文件
每一个Doxygen工程都有一个后缀为.cfg的配置文件，用来保存所有的设置。配置文件的格式与autoexec.bat、config.sys等文件相似，是由名称/值对组成的ASCII码，会由doxygen命令来解析。为了简化创建和修改配置文件，Doxygen可以在命令行方式下加上参数-g自动创建模板文件。
doxygen -g <config-file>
忽略<config-file>将会生成一个名为Doxyfile的缺省文件，如果<config-file>已经存在，会被Doxygen改名为<config-file>.bak。
实际上，我们根本就不需要用一般的编辑器来编辑配置文件，Doxygen提供了一个辅助工具Doxywizard。Doxywizard是Doxygen的GUI前台，用户可以能过它来读写配置文件，省却了手工配置的麻烦。基本上，在Doxywizard中可以完成Doxygen的绝大多数工作，而且Doxygen也可以在由Doxywizard启动，这样就使得整个过程比较连贯。
虽然如此，我们还是要理解常见的各个Tag的含义。在Doxywizard中，可以看到这些Tag以自明的方式命名，我们大致可以从名称中看出其作用。这些Tag被Doxywizard大致分为几类，其中HTML到PerlMod是输出文件种类设置，Project是Doxygen工程设置，Build是编译类选项，Messages为出错或异常选项，Input为输入源选项，等等。
图2 Doxywizard
注释
Doxygen规定了进行注释的一些格式，正确的注释才能使Doxygen生成文档。第一个代码条目，都有两种描述：简要描述和详细描述，两者都是可选的。简要描述只有一行，而详细描述则提供更长、更仔细的描述，Doxygen只允许有一个简要描述和详细描述。
在Doxygen中，一般只会处理与程序结构相关的注释，函数内部的注释通常不做处理。对于详细描述来说，有下面几种表示方式。
JavaDoc风格，中间的"*"号可选。/*** 注释*/Qt风格，中间的"*"号可选。/*!* 注释*/C++风格的变体，或者最后一个"/"改为"！"也可以。/// 单行注释/// 注释///更加显著的表示。////////////////////////////////////////////// 注释///////////////////////////////////////////简要描述亦有多种表示方式。在上述注释块中使用\brief命令，详细注释在空行之后开始。/*! \brief 简要描述* 继续** 详细注释*/JAVADOC_AUTOBRIEF设置为YES后，在JavaDoc风格的注释中，第一个点号之前的内容被自动设置为简要描述。对于多行C++变体，这个选项亦会起到相同的作用。/** 简要描述.详细描述* 注释*/C++变体风格。/// 简要描述/* 详细描述 */
命令
Doxygen支持的指令非常多，主要作用是控制输出文档的排版格式。命令以"\"或"@"号开始。
一些命令可以有多个参数，一些命令只有一个参数。参数周围的括号使用是有含义的：
- <>号表示参数是单个词。
- ()号表示参数一直会到行尾。
- {}号表示参数会扩展到下一段落。
- []号表示参数是可选的。
下面章节中也涉及到一些命令的使用，其它的命令可以查阅Doxygen用户手册。
列表
Doxygen有许多方法可以创建项目列表。
使用"-"在每行开始之前打头，使用"."可以结束一个列表，开始新的段落。使用这种方法要严格对齐。/*** - 表项一* - 子项一* - 子项二* .* .*/在文档块中使用HTML命令。这种方法不需要严格对齐。/*!* <ul>* <li> 表项一* <ol>* <li> 子项一* <li> 子项二* </ol>* <li> 表项二* </ul>*/
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分组
Doxygen有两种分组机制。第一种是全局地为每一个组创建一个网页，此时分组被称为"module"；第二种是用于复合实体中的成员列表，此时分组被称为"member group"。Module是一种把内容在单个网页上分组的方法。分组可以包括files，namespace，classes，functions，variables，enums，typedefs和defines，也可以包含其它分组。复合实体（compound entities）如类、文件、命名空间等可以分布在多个分组中，而成员实体（member）如变量、函数、typedef等只能归属于一个分组。
定义分组的方法是在特殊注释块中使用命令\defgroup和\addtogroup。 defgroup的格式如下：
\defgroup <唯一标识名> （中间可以有空格的标题）
两次使用同一标识名，在doxygen解析的时候会出现错误。命令addtogroup与defgroup不同的地方在于，如果使用了同一标识，则会在改组中加入新的项，如果标识不重复，则会创建分组。addtogroup中的标题是可选的。
声明分组之后，如果要使某个实体归属某一分组，需要使用ingroup命令。避免在每个成员之前都使用ingroup命令，可以将member用@{和@}封装起来。
/** * \ingroup A */extern int VarInA;/** * \defgroup IntVariables Global integer variables *//*@{*//** an integer variable */extern int IntegerVariable;/*@}*/..../** * \defgroup Variables Global variables *//*@{*//** a variable in group A */int VarInA;int IntegerVariable;/*@}*/
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上面这些命令都是有优先级的，doxygen会根据优先级将实体放入具有最高优先级的分组之中。它们的优先级顺序是：ingroup，defgroup，addtogroup，weakgroup。weakgroup类似一个低优先级的addtogroup。在.h文件中可以使用高优先级的命令定义层次结构，在.c文件中\weakgroup就不需要准确遵循.h文件中定义的层次结构。
如果要把不同的类型归入同一分组内，就要使用Member group，它的定义方法如下：
//@{ ...//@}或者/*@{*/ ... /*@}*/
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Member group不可以嵌套。
图表
Doxygen里有内置生成C++类层次图的功能。它使用贝尔实验室开发的graphviz 1.5中的工具"dot"来生成更高级的图表。使用这个工具时，要将配置选项HAVE_DOT设为YES。
- 当GRAPHICAL_HIERARCHY设置为YES时，将会绘制一个图形表示的类图结构。
- 当CLASS_GRAPH设置为YES时，会为每个归档的类创建一张图表示其直接或间接的继承关系。
- 当INCLUDE_GRAPH设置为YES时，会为每个归档文件创建一幅包含依赖图，此功能目前仅有HTML和RTF格式支持。
- 当COLLABORATION_GRAPH设置为YES时，会为每个归档类或结构绘制基类继承关系图和使用关系图。
- 当CALL_GRAPH设置为YES时，会为每个函数显示一幅直接或间接调用关系图。
更具体的信息可以参考Doxygen的手册。
公式
Doxygen可以把LaTeX格式的公式输出出来。要在HTML文档里包含公式，需要安装下面的工具：latex（LaTeX编译器）、dvips（将DVI文件转换为PS文件）、gs（将PS文件转换为位图）。
包含公式的方法有两种：
使用\f$命令对表示文本中间的公式，遵循LaTeX格式。\f$(x_1, y_1)\f$ (x1,y1)位于独立一行上未编号的公式，应放在命令\f[和\f]之间。\f[ |I_2|=\left| \psi(t) \right|\f]对应的输出是|I2|=|ψ(t)|。
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中文文档
Doxygen支持多种语言，输出中文文档的时候，只需要将配置文件中的OUTPUT_LANGUAGE标签设置为Chinese即可（用Doxywizard修改更方便）。
有一个需要注意的问题是，在Windows下的浏览器浏览中文HTML文档时，英文字母会变得很难看，解决的办法是将doxygen_cn.css下载到本地硬盘，并将配置文件中的HTML_STYLESHEET修改为这个文件的位置。
HTML_STYLESHEET=c:\doxygen\doxygen.css
运行doxygen
在命令行下运行doxygen是很简单的，只需要指定配置文件即可。
doxygen project.cfg
或者，也可以使用Doxywizard在配置完后直接运行doxygen。
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