MSYS模仿了Linux下的编译环境，但与Windows上IDE比起来，不足的是需要自己写Makefile。因此也可以搭建类似Linux的automake环境来生成Makefile。
折腾了2个多小时，才把环境搞定。步骤如下：
1 下载与安装
下载如下工具或组件：
autoconf，automake，m4，libtool，perl，crypt。
下载地址：
http://sourceforge.net/projects/mingw/files/MSYS/ 其中autoconf，automake是主要使用工具；m4，libtool是必要工具；perl是支撑工具；crypt是支撑库。libtool和crypt以库的形式下载。
下载好的文件如下：autoconf-2.67-1-msys-1.0.15-bin.tar.lzma，automake-1.11.1-1-msys-1.0.13-bin.tar.lzma，m4-1.4.14-1-msys-1.0.13-bin.tar.lzma，libltdl-2.4-1-msys-1.0.15-dll-7.tar.lzma，perl-5.6.1_2-2-msys-1.0.13-bin.tar.lzma，libcrypt-1.1_1-3-msys-1.0.13-dll-0.tar.lzma。解压后拷贝到C:\msys\1.0下，覆盖即可。
2 automake使用
1）运行autoscan命令，产生configure.scan文件；
2）将configure.scan 文件重命名为configure.in，并修改configure.in文件；
3）运行aclocal命令，产生aclocal.m4文件；
4）运行autoconf命令，产生configure文件；
5）新建Makefile.am文件，新建NEWS、 README、 ChangeLog 、AUTHORS文件；
6）修改Makefile.am，并运行automake -a命令；(automake --add-missing)
7）运行./confiugre脚本。
8）至此，Makefile已生产，然后执行make编译即可。
其中configure.in的修改，Makefile.am的修改。可参考其他网上资料。
参考：
http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-makefile/ （复杂例子）
http://tech.sina.com.cn/s/2004-10-19/1115443045.shtml （简单例子）
FAQ
1 问题：/bin/install: Permission denied
解决方法：从
http://sourceforge.net/tracker/index.php?func=detail&aid=1711379&group_id=2435&atid=102435 中的"Attached files"中下载install.exe.manifest，放到MSYS的bin下。
再次出现该错误。继续：在控制面板 -- 用户账户和家庭安全 -- 用户账户中，打开更改用户账户控制设置，将级别调至最低。需要重启。
至此，还未测试是否有效。 参考：
http://lists-archives.org/mingw-msys/00059-problem-with-chmod.html 2 问题：执行automake -a后出现：required file './ltmain.sh' not found
解决方法：在执行aclocal和automake -a前执行
libtoolize命令，来产生ltmain.sh到当前目录。
参考：
http://blog.chinaunix.net/u2/84449/showart_2087602.html3 执行automake -a，出现：Makefile.am:29: `%'-style pattern rules are a GNU make extension
解决：执行
automake -Wno-portability
参考：http://bugs.mysql.com/bug.php?id=30708