很多情况下需要php调用其他程序如shell命令、shell脚本、可执行程序等等，此时需要使用到诸如exec/system/popen/proc_open等函数，每种函数有各自适合使用的场景以及需要注意的地方。

前提：PHP没有运行在安全模式
如果PHP运行在安全模式下，那么在执行外部命令、打开文件、连接数据库、基于HTTP的认证这4个方面将会受到制约，可能在调用外部程序时无法获取预期的结果，此时需要设置特定目录，可以在php.ini中编辑safe_mode_exec_dir参数来指定。

1. exec
原型：string exec ( string command [, array &output [, int &return_var]] )
描述：返回值保存最后的输出结果，而所有输出结果将会保存到$output数组，$return_var用来保存命令执行的状态码（用来检测成功或失败）。
例子：$ret = exec("ls -al", $output, $var);
注意：
A. 输出结果会逐行追加到$output中，因此在调用exec之前需要unset($output)，特别是循环调用的时候。
B. 如果想通过exec调用外部程序后马上继续执行后续代码，仅仅在命令里加"&"是不够的，此时exec依然会等待命令执行完毕；需要再将标准输出做重定向才可以，例如：exec("ls -al >/dev/null &", $output, $var);
C. 要学会善用EscapeShellCmd()和EscapeShellArg()。函数EscapeShellCmd把一个字符串 中所有可能瞒过Shell而去执行另外一个命令的字符转义。这些字符在Shell中是有特殊含义的，象分号（|），重定向（>）和从文件读入 （<）等。函数EscapeShellArg是用来处理命令的参数的。它在给定的字符串两边加上单引号，并把字符串中的单引号转义，这样这个字符串 就可以安全地作为命令的参数。

2. system
原型：string system ( string command [, int &return_var] )
描述：执行给定的命令，返回最后的输出结果；第二个参数是可选的，用来得到命令执行后的状态码。
例子：$ret = system("ls -al", $var);
注意：略。

3. passthru
原型：void passthru (string command [, int return_var])
描述：执行给定的命令，但不返回任何输出结果，而是直接输出到显示设备上；第二个参数可选，用来得到命令执行后的状态码。
例子：passthru("ls -al", $var);
注意：略。

4. popen
原型：resource popen ( string command, string mode )
描述：打开一个指向进程的管道，该进程由派生给定的 command 命令执行而产生。 返回一个和 fopen() 所返回的相同的文件指针，只不过它是单向的（只能用于读或写）并且必须用 pclose() 来关闭。此指针可以用于 fgets()，fgetss() 和 fwrite()。
例子：$fd = popen("command", 'r'); $ret = fgets($fd);
注意：只能打开单向管道，不是'r'就是'w'；并且需要使用pclose()来关闭。

5. proc_open
原型：resource proc_open ( string cmd, array descriptorspec, array &pipes [, string cwd [, array env [, array other_options]]] )
描述：与popen类似，但是可以提供双向管道。具体的参数读者可以自己翻阅资料，比如该博客：http://hi.baidu.com/alex_wang58/blog/item/a28657de16fec55195ee372a.html。
注意：
A. 后面需要使用proc_close()关闭资源，并且如果是pipe类型，需要用pclose()关闭句柄。
B. proc_open打开的程序作为php的子进程，php退出后该子进程也会退出。
C. 笔者在使用的时候遇到获取外部程序输出阻塞的问题，也就是在例子中的fgets($pipes[1])语句阻塞了，无法继续进行。经过多方查证后发现，问题一般出在外部程序中，比如外部程序是C程序，使用fprintf(stdin, "**** \n");输出结果，此时需要加上fflush(stdout);才行，否则输出结果可能会暂留缓存中，无法真正输出，而php也就无法获取输出了。
例子：