If you're working under Windows, have you set the required mappings?
Maybe Eclipse couldn't find the Source because of the missing mapping to
the (cygwin-)drive where your projects/workspaces are.

When you start Cygwin, enter "mount" and look for the mapping you have:
They may look like this:


Admin@bs11-01xp ~
$ mount
D:\cygwin\bin on /usr/bin type system (binmode)
D:\cygwin\lib on /usr/lib type system (binmode)
D:\cygwin on / type system (binmode)
c: on /cygdrive/c type system (binmode,noumount)
d: on /cygdrive/d type system (binmode,noumount)
e: on /cygdrive/e type system (binmode,noumount)
j: on /cygdrive/j type system (binmode,noumount)
n: on /cygdrive/n type system (binmode,noumount)
u: on /cygdrive/u type system (binmode,noumount)
w: on /cygdrive/w type system (binmode,noumount)
x: on /cygdrive/x type system (binmode,noumount)
y: on /cygdrive/y type system (binmode,noumount)
z: on /cygdrive/z type system (binmode,noumount)



My Projects ara all under J:\Projects, so my mapping needs to be present
in Eclipse as:
/cygdrive/j j:/


Open Eclipse and then click
- Windows => Preferences => C/C++ => Debug =>Common Source Lookup
Path
- Add a new Path Mapping: click [Add] => Path Mapping => [OK]
- Select the new Mapping => [Edith] => change Name of Mapping "Project
Source" => [Add]
- set "Compilation path" to the Source (Sample cygwin!) "/cygdrive/j"
(without the quotes!)
- set"Local file system path" tho "J:\" (without the quotes!)