【问题描述】
大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物。
在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。两个基因的相似度的计算方法如下:
对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应。当然,中间可以加入一些空碱基-,例如:
A
|
G
|
T
|
G
|
A
|
T
|
-
|
G
|
-
|
G
|
T
|
-
|
-
|
T
|
A
|
G
|
这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的相似度如下表所示:
|
A
|
C
|
G
|
T
|
-
|
A
|
5
|
-1
|
-2
|
-1
|
-3
|
C
|
-1
|
5
|
-3
|
-2
|
-4
|
G
|
-2
|
-3
|
5
|
-2
|
-2
|
T
|
-1
|
-2
|
-2
|
5
|
-1
|
-
|
-3
|
-4
|
-2
|
-1
|
*
|
那么相似度就是:(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一,例如又有:
A
|
G
|
T
|
G
|
A
|
T
|
G
|
-
|
G
|
T
|
T
|
A
|
-
|
G
|
相似度为:(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中,相似度最大的那个。
【输入文件】
共两行。每行首先是一个整数,表示基因的长度;隔一个空格后是一个基因序列,序列中只含A,C,G,T四个字母。1<=序列的长度<=100。
【输出文件】
仅一行,即输入基因的相似度。
【输入输出样例】
输入:
7 AGTGATG
5 GTTAG
输出:
14
【参考程序】:
#include<string.h>
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
int p[5][5]={
{5,-1,-2,-1,-3},
{-1,5,-3,-2,-4},
{-2,-3,5,-2,-2},
{-1,-2,-2,5,-1},
{-3,-4,-2,-1,0},
};
int a[101],b[101],opt[101][101];
int len1,len2;
char s1[102],s2[102];
int find_max(int x,int y,int z)
{
int k=x;
if (k<y) k=y;
if (k<z) k=z;
return k;
}
void work()
{
memset(opt,128,sizeof(opt));
opt[0][0]=0;
for (int i=1;i<=len1;i++)
opt[i][0]=opt[i-1][0]+p[a[i]][4];
for (int i=1;i<=len2;i++)
opt[0][i]=opt[0][i-1]+p[4][b[i]];
for (int i=1;i<=len1;i++)
for (int j=1;j<=len2;j++)
{
int x=opt[i-1][j-1]+p[a[i]][b[j]],
y=opt[i-1][j]+p[a[i]][4],
z=opt[i][j-1]+p[4][b[j]];
opt[i][j]=find_max(x,y,z);
}
printf("%d\n",opt[len1][len2]);
}
int main()
{
freopen("gene.in","r",stdin);
freopen("gene.out","w",stdout);
char cc;
scanf("%d ",&len1);
for (int i=1;i<=len1;i++)
{
scanf("%c",&cc);
if (cc=='A') a[i]=0;
else if (cc=='C') a[i]=1;
else if (cc=='G') a[i]=2;
else if (cc=='T') a[i]=3;
}
getchar();
scanf("%d ",&len2);
for (int i=1;i<=len2;i++)
{
scanf("%c",&cc);
if (cc=='A') b[i]=0;
else if (cc=='C') b[i]=1;
else if (cc=='G') b[i]=2;
else if (cc=='T') b[i]=3;
}
work();
return 0;
}